Μετά την Απελευθέρωση αρχίζει μια μακρά περίοδος παρακμής για την Ύδρα, η οποία έχοντας συνεισφέρει πολλά χρήματα και το μεγαλύτερο μέρος του στόλου της στον αγώνα, περνάει μία περίοδο οικονομικής ύφεσης, για έναν περίπου αιώνα.
Η παρακμή της Ύδρας αρχίζει ταυτόχρονα με την παρουσία του Όθωνα στην Ελλάδα, παρόλο που η Ύδρα παρά το μικρό μέγεθός της και την εντεινόμενη οικονομική παρακμή της, έδωσε στην πολιτική ζωή της χώρας έναν Πρόεδρο της Δημοκρατίας, πέντε πρωθυπουργούς, πολλούς υπουργούς (ιδίως στο Υπουργείο Ναυτικών).
Ο Γεώργιος Κουντουριώτης (1782 – 1858), εκλέχτηκε Πρόεδρος του Εκτελεστικού κατά την Επανάσταση το 1824 και μέλος του Πανελληνίου Συμβουλίου του Καποδίστρια, ενώ στη συνέχεια διετέλεσε γερουσιαστής, σύμβουλος Επικρατείας και υπουργός Ναυτικών. Έλαβε μέρος στη Δ’ Εθνοσυνέλευση και στην Εθνοσυνέλευση του 1843. Επί Όθωνα διορίστηκε το 1848, στη θέση του Πρωθυπουργού και Υπουργός Ναυτικών.
Ο Αντώνιος Κριεζής (1796 – 1865), διορίστηκε ως Μοίραρχος του Στόλου το 1828 από τον Καποδίστρια και επί Όθωνος προβιβάστηκε σε Αντιναύαρχο και ονομάστηκε Αυλάρχης. Το 1836 έγινε Υπουργός των Ναυτικών στην Κυβέρνηση Άρμανσπεργκ και στη συνέχεια επίσης Υπουργός των Ναυτικών στη Κυβέρνηση Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου του 1841. Στις 12 Δεκεμβρίου 1849 διαδέχτηκε τον Κανάρη στην πρωθυπουργία της Ελλάδας, έως τις 16 Μαΐου 1854 και επί βασιλιά Γεωργίου Α΄ ονομάστηκε επίτιμος υπασπιστής, σύμβουλος επί Ναυτικών Θεμάτων και Υποναύαρχος.
Ο Δημήτριος Βούλγαρης (1802 – 1877), διετέλεσε 8 φορές πρωθυπουργός σε διάστημα μίας 20ετίας, για 6 χρόνια και 1 μήνα συνολικά. Το 1821 εξελέγη Πρόκριτος της Ύδρας, το 1825 εξελέγη Πληρεξούσιος στην Γ΄ Εθνοσυνέλευση της Επιδαύρου και το 1829 Πληρεξούσιος στην Δ΄ Εθνοσυνέλευση του Άργους. Το 1832 διορίστηκε Υπουργός Ναυτικών, θέση από την οποία παραιτήθηκε μη δεχόμενος να υποβιβάσει τους αγωνιστές του 1821. Το 1837 εξελέγη Δήμαρχος Ύδρας παραμένοντας στον δημαρχιακό θώκο για έξι χρόνια. Το 1845 διορίστηκε Γερουσιαστής και δύο χρόνια αργότερα Υπουργός Ναυτικών στην κυβέρνηση Κωλέττη. Τα επόμενα χρόνια ανέλαβε το Υπουργείο Οικονομικών στην κυβέρνηση Κανάρη (1848) από όπου όμως παραιτήθηκε. Τον Σεπτέμβριο του 1855 ανέλαβε Πρωθυπουργός και Υπουργός Εσωτερικών, με την κυβέρνηση να παραιτείται δύο χρόνια αργότερα. Με την έξωση του Όθωνα, ο Βούλγαρης σχημάτισε την επαναστατική Κυβέρνηση του 1862, την οποία διοικούσε Επιτροπεία (Ρούφος, Κανάρης, Βούλγαρης) υπό την προεδρία του. Τον Φεβρουάριο του 1862, παραιτήθηκε από την πρωθυπουργία, για να σχηματίσει πάλι Κυβέρνηση τον Οκτώβριο του ίδιου έτους (1863). Το 1865 σχημάτισε βραχύβια Κυβέρνηση τριών ημερών και τον Ιανουάριο του 1866 διορίστηκε Πρωθυπουργός. Τον Ιανουάριο του 1868 κέρδισε τις εκλογές και σχημάτισε κυβέρνηση διάρκειας ενός έτους. Το 1871 κέρδισε τις εκλογές αναλαμβάνοντας για έβδομη φορά την πρωθυπουργία, ενώ τον Φεβρουάριο του 1874 ανέλαβε για τελευταία φορά την πρωθυπουργία.
Ο Αθανάσιος Μιαούλης (1815 – 1867), εκλέχτηκε Βουλευτής το 1855 και ανέλαβε Υπουργός των Ναυτικών επί Κυβερνήσεως του Δημητρίου Βούλγαρη. Μετά την παραίτηση του Δημητρίου Βούλγαρη, κλήθηκε από τον βασιλιά Όθωνα να τον αντικαταστήσει. Ακολούθως, σχημάτισε στις 13 Νοεμβρίου, κυβέρνηση, η οποία διατηρήθηκε με διάφορους ανασχηματισμούς μέχρι τον Μάιο του 1862. Το 1859 παραιτήθηκε και στις εκλογές του ίδιου έτους επανεξελέγη Πρωθυπουργός. Το 1860 παραιτήθηκε και επανεξελέγη το 1861 για να παραιτηθεί οριστικά το 1862.
Ο Πέτρος Βούλγαρης (1883 – 1957), στις 8 Απριλίου του 1945 αναλαμβάνει την πρωθυπουργία της χώρας, από τον Απρίλιο του 1945 μέχρι και τον Αύγουστο του 1945 επί έξι μήνες και εννέα ημέρες, προσπαθώντας να φέρει σε συνεννόηση τα πολιτικά κόμματα για εκλογές.
Τέλος, ο Παύλος Κουντουριώτης μετέπειτα πρώτος Πρόεδρος της Ελληνικής Δημοκρατίας, κατά το 1886, ως Υποπλοίαρχος, Κυβερνήτης των κανονιοφόρων Α και Β πραγματοποιεί την πρώτη του μεγάλη πολεμική Ναυτική επιτυχία. Ενώ ο Ελληνικός στρατός προελαύνει προς την Άρτα εκείνος εισβάλει στον κόλπο της Πρέβεζας για να παρακωλύσει την όποια αντίσταση. Τον Φεβρουάριο του 1897 ως Πλωτάρχης, Κυβερνήτης του ατμομυοδρόμου «Αλφειός» αποβίβασε το εκστρατευτικό σώμα του Συνταγματάρχη Τιμολέοντος Βάσσου στο Κολυμπάρι Χανίων και τον Απρίλιο του 1897 στη Σκάλα Λεπτοκαρυάς, κατά τον Ελληνοτουρκικό Πόλεμο του 1897.
30°C